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《黑客帝国3》的细节部分，唐天也稍微想了想，毕竟对捕获机械大帝有帮助。
细节部分就是；在真实世界的墨菲斯、崔妮蒂与logos号飞船的奈奥比会合了，当然，还有那位被洗脑夺体的班恩。崔妮蒂他们从“先知”那里知道了尼奥的现状，在守护天使的带领下，去找梅罗纹奇要人，喜欢享受的阿梅那时正和佩瑟芬在他管辖的地狱酒吧欣赏**的氛围，他当然不肯交出尼奥，因此大家少不了一场激战。在佩瑟芬的帮助下，崔妮蒂他们终于将尼奥带回现实。
在最后一次和“先知”交谈之后，尼奥明白了他的使命。从这开始，故事就分两条线进行。一条是墨菲斯和奈奥比杀回锡安，和基地的人们共同对抗机器大军的进攻；另一条线是翠妮蒂不愿意和尼奥分开，决心放弃一切和尼奥共同前往机器s世界的圣地――01城。奈奥比虽然不相信先知的话，但她开始相信尼奥，把自己那艘最快的logos号飞船借给了尼奥和翠妮蒂，而自己和墨菲斯乘坐hammer号回锡安。没想到偷偷醒来的班恩溜进了logos号，一场激战过后，班恩的肉身死去，尼奥身受重伤。历经重重机器大军的堵截，尼奥终于抵达01城。再说锡安城这边，人类已决定展开最后的自救行动，他们组织起了所有的apu（armoredpersonalunits单兵作战机甲），和250000电子章鱼以及大型钻探机器展开了决斗……
尼奥在01城终于得以面对“机器大帝”（deusexmachina）――机器世界的真正主宰，双方展开了谈判并达成了协议。与此同时，史密斯的能力又扩充了，凡属尼奥接触过的信息他都能分享。他找到了先知的藏身之处，并将她复制成自己，在这个过程中，他也了解到了尼奥的使命。可是他不怕，并开始在母体中无限复制自己，系统危在旦夕……
和“机器大帝”达成协议的尼奥被送进了母体，而史密斯正在那里等他，两人展开了一场只属于“超人”的决斗。机器与人类，两个世界的命运都取决于这一战的结果，而最后结果是‘和平’。
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